Зачем стоят точки в кунном чтении?

Перед точкой находится чтение самого иероглифа, после стоит дополнительная кана. То есть реальное чтение самого иероглифа в вашем примере - い, однако так как это глагол, он также имеет кану после иероглифа для изменения формы. Чтение i.keru показывает чтение глагола который содержит иероглиф а не самого иероглифа, поэтому этот глагол будет записываться как 生ける а не просто 生.