Можно ли использовать иероглиф 吉 в имени Кирилл?

Не обязательно переводить по слогам имени, можно по значению имени подобрать. К примеру, в вашем случае это "господин", "владыка", "хозяин". Можно подобрать кандзи с одним из этих значений тоже.
Как я уже отвечал на вопрос о чтениях в имени, в этих самых именах/фамилиях иероглиф может иметь любое собственное чтение из для него существующих в принципе (то есть чтение самого иероглифа, например, 丸 будет иметь собственные чтения: gan, maru (из まる.める собственное - только то, что до точки), wa, wani, ma - любое из них может быть применено). Отсюда, иероглиф 吉 можно использовать в переводе имени, так как одно из его чтений вполне подходит для транскрипции.
Но всё же транскрипция по слогам длинных не японских имён на кандзи - довольно непривычная практика для японцев, так как обычно и фамилия, и имя японца не занимают больше 4 иероглифов, за относительно редкими исключениями, которые я встретил в анкетах пока лишь однажды, было это давно и неправда.

Обычно имена иностранцев записываются катаканой. К примеру, имя Кирилл будет キリル. Насчет имен иероглифами, попробуйте воспользоваться ресурсом https://kanjiname.ru/